于1930年，流感嗜血杆菌分类为两类，即荚膜菌株及没有荚膜的菌株。虽然已知荚膜类的乙型流感嗜血杆菌（或是b型流感嗜血杆菌，简称HiB）是毒性的主因之一，但感染流感嗜血杆菌的病因却仍未完全清楚。它们的荚膜能帮助它们抵抗在没有免疫的寄主体内的吞噬作用及不触发补体介导的裂解。没有荚膜的菌株则较少侵略性，但它们能诱发炎症而产生其他病症，如会厌炎。接种HIbB结合型疫苗是一种有效的预防方法，其中某几种疫苗已经广为使用。
大部份流感嗜血杆菌都是机会性感染细菌，即它们会在寄主体内生存而不引起任何疾病，但当某一些因素（如病毒感染或免疫力下降）出现后则会引发病症。流感嗜血杆菌一般有六种菌株，称为a型、b型（又称乙型）、c型、d型、e型及f型。
由流感嗜血杆菌自然产生的疾病只会在人类出现。在婴儿及孩童中，乙型流感嗜血杆菌会引致菌血病症及急性细菌性脑膜炎。偶尔地它会引致蜂窝组织炎、骨髓炎及关节感染。自从1990年开始，美国使用HiB结合型疫苗后，HiB病症的患病率减少至每十万名儿童有1.3名儿童感染。但是，HiB仍然是发展中国家引致婴儿及儿童下呼吸道疾病的主因。没有荚膜的流感嗜血杆菌会引致儿童的耳朵感染（如中耳炎）、眼睛感染（结膜炎）及鼻窦炎，并且联带肺炎。
Hib肺炎通常发生于1岁左右儿童。大多数病人发病前有感冒，50%左右早期出现胸腔积液。菌血症和脓胸不常见。大部分受无荚膜菌株感染的成年人产生类似其他细菌性肺炎的支气管肺炎。
痰液革兰氏染色示大量小的革兰氏阴性球杆菌；此种细菌对培养的营养需要较为严格且往往寄生在上气道内，因此培养常出现假阴性和假阳性。
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