功能饮料能显著提高人的注意力和反应速度，记忆力也有不同程度的改善，但其功效，其实多依赖于咖啡因的作用。换言之，咖啡因的作用无疑是显著的，它让人从困顿中勃发，精力再集中，不再瞌睡。也有研究对功能饮料表示质疑。美国底特律亨利福特医院的研究者发现，高水平的咖啡因和牛磺酸会增加人体血压和心率，影响心脏功能。澳大利亚艾德蕾德医院的研究发现，无糖配方的红牛饮料可使血液黏稠，有可能增加患心脏病和中风的风险。《药物疗法年鉴》中载有美国韦恩州立大学的研究者对功能饮料进行的测试：让15名健康成人连续7天每天喝2听功能饮料，结果发现，功能饮料使他们的血压平均升高10毫米汞柱，心率每分钟增加5次。这意味着，对于患高血压病或心律不齐的人来说，该饮料可能并不合适。
因此，功能饮料并非人人适合。运动饮料中糖含量的适当比例应为6%～7%，这既保证了人体最大程度的吸收，也能防止血糖瞬时升高。一些功能饮料的糖分含量过高，对人体反而起到利尿作用，使肾脏加速排出水分。这些饮料不仅没有解渴作用，还适得其反，让身体更加缺水。
当下正红的维生素C水溶饮料，是功能饮料中的新贵，受到很多白领的追捧。其实，这种饮料并不“高明”。一瓶该类饮料含有100毫克维生素C，价格4元多。但维生素C本身就易溶解于水，如果只追求营养，还不如就着白开水吃一片维生素C，这样只花几分钱。此外，在水溶维生素C类产品中，清新的柠檬酸口味受人喜爱，消费者常不自觉每天多喝几瓶。但是，人体每天对维生素C的需求仅为100毫克，过多的摄入将不会被人体所吸收，而致尿液维生素C呈阳性，有尿路结石之虞。这令人担忧。
而很多功能饮料为了使果味饮料颜色诱人，饮料中都会被加入一定量的人工合成色素、香精以及防腐剂。有关专家指出，过量饮用果味饮品，容易导致色素大量沉着在儿童的消化道黏膜上，引起食欲下降和消化不良，干扰体内多种酶的功能，造成儿童食欲不振，身高体重不足，引发儿童多动症等。此外，人工合成香精摄入过多会导致过敏症状，如鼻炎、神经性头痛和行为紊乱等，而防腐剂摄入过多对人体也是有害的。儿童过多饮用果味类饮品会导致其患上果味饮料综合症，表现为：小腹胀鼓，口吐酸水，食欲不振、消化不良，情绪不稳、易激怒和心烦意乱等。
美国药物滥用与心理健康服务局发布了一份报告称，随着更多人将功能饮料与酒及药物混用，近几年功能饮料相关急诊病例大幅上升。
该报告显示，2005年功能饮料相关病例仅1,128例，到2009年已猛增了10倍，达到13,114例。2009年数据已是最新数据。
该机构表示，44%的功能饮料相关病例与病人将饮料与酒、常规药物或违禁药物混用有关。绝大多数病人为18-39岁的男性。
研究人员并未说明病人因何症状奔赴急诊室，以及病人此前的健康状况。不过他们表示，另有研究表明，自行摄入过多功能饮料可能产生心律失常、高血压和脱水等副作用。
“饮用功能饮料同时摄入药物、酒等，将增加严重甚至致命的健康风险，而且可能触发危险行为，比如在受到上述物质影响过程中驾车。”研究人员称。
代表功能饮料生产商的行业组织美国饮料协会(AmericanBeverageAssociation)立即予以反驳，称近半数功能饮料相关病例的患者曾饮酒、服用违禁药或正常药物，“可能意味着饮用功能饮料与病情也许并无关联。”
“十二五”期间，我国饮料总产量将以平均每年13%速度增长，随着功能饮料市场的进一步规范和人们对营养和保健意识的增强，功能饮料的比重将有所提高，功能饮料市场前景可期。但是企业切不可为了商业噱头，而忘了营养健康这个根本所在。