对研发和质检实验玻璃器皿进行清洗是为了防止器皿上残留的辅料、中间体或者药品污染和交叉污染很重要的手段，实验结束后会残留若干辅料和微生物，微生物在适当的温度下以残留物中的有机物为营养可大量繁殖，产生各种代谢物，从而大大增加残留物的复杂性和危害程度。显然如果这些残留物的原料微生物和其代谢物进入下批次质检实验，扰对分析物的检测，导致实验数据不准确。
清洗的洁净度
严格意义上说，绝对的不含任何残留物的清洁状态是不存在的，在制药实验室中，清洁的概念是指被清洗的物品上的各种残留物，包括微生物和代谢物的总量是低到不至于影响下批次实验对分析物的测试和实验数据的准确性。通过有效的清洗，可将上批次实验残留在玻璃器皿上物质减少到不会影响下批次实验的程度。而且提供可标准化，可以重复性和可追溯性的清洗结果。
有效清洗
有效清洗的目的就是去除上批次实验留下来的污染物，创造了不利于微生物繁殖的客观条件，便于将器皿中的微生物污染控制在一定的水平。有效清洗，首先是界定污染物的性质（化学属性、粘稠度、污染程度），其次是要界定清洗物品的结构、材质。最后来选定清洗的方式，其中包括清洗的方式、清洗剂的种类和浓度、清洗时间、温度、清洗次数等，当然需要考虑污染后等待清洗最长时间以及清洗效果确认后存放最长时间。
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