进境存入保税仓库的保税货物可暂时免纳进口税费，免交进口许可证，所有未办结海关手续的货物都可以存入保税仓库，通过缓税减少资金占用。在保税仓库，企业可对采购进境的货物进行流通性简单加工，然后向境内外分销、配送，加上国内劳动力成本和仓储费用低的优势，还有利于吸引外商将其配送中心、物流中心、采购中心的功能转移到中国。
利用保税仓库，贸易商可根据国际市场价格变化，低购高抛，既可从事国际转口贸易业务，也可供应国内市场。经济危机期间，青岛保税仓库业务未见萎缩，就是因为供应商将货物在保税仓库中存储等待，有效防范和化解了剧烈波动的价格风险。
保税仓库对于从事进口业务的企业尤其是中小型企业来说更是“获益良多”：企业直接进口原料往往需要大批量采购，资金需求大;进口数量大则生产周期长，资金占用的时间也长，贸易成本提高，风险增加，这些都不利于中小型企业开展贸易。保税仓库的设立，可在境内形成一个境外货物市场，企业需进口原料时，直接到保税仓库多批次、小批量采购，帮助企业形成“即时生产、零库存”的现代经营方式，降低中小企业经营风险。
特殊区域需国务院审批，物流业务的开展因限于固定区域、增加了中间环节而提高了成本。保税仓库只需直属海关审批，选址无地域限制，规模可大可小，仓库可租可建，由经营企业自行选择，筹建周期短，投入资金少，建设成本、运作成本低，对市场反应灵敏。
出口加工区侧重发展为区内加工企业配套的物流业务，保税港区的优势是兼重保税加工与物流，而保税仓库则专注于进口保税物流，以周边密集分布但不限制固定区域的大量加工贸易企业为其稳定的后盾，依托众多进出口贸易公司开拓国际供货渠道和销售市场，有四通八达的港口、仓库及消费市场之间便捷高速的交通网络作为开展物流业务的优越基础条件，与市区终端消费客户‘零距离’的地理位置优势更易满足并扩大本地化服务需求。