经过内审和管理评审，组织如果确认其环境管理体系认证基本符合ISO14000认证标准要求，对组织适用性较好，且运行充分、有效，可向已获得中国环境管理体系认证机构认可委员会认可有认证咨格的认证机构提出认证申请并签定证证合同，进ISO14000环境管理体系认证审核阶段.
认证审核是认证机构受组织委托，以第三方身份对组织的环境管理体系认证与ISO14000环境管理体系标准的符合性和运行、保持的有效性进行审核验证，并确定是否向组织发放认证证书的过程。
为接受认证机构的认证审核，组织应做好充分准备，保持体系有效运行，认证机构会派出审核组，审核组对组织实施认证审核。认证审核包括第一阶段审核和第二阶段现场审核。在组织完成第二阶段现场审核开具有不符合纠正并经过审核组验证关闭后，机构经过认证评定，将确定是否批准组织的认证注册和颁发认证证书。
认证证书有效期为三年，在三年内，组织要多次接受认证机构监督审核，在三年后，组织要申请复审，重新注册获得证书，此过程同每次一次认证取证一样。
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