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引起肠道健康失衡的主要原因：肠道健康失衡是一个比较宽泛、笼统的概念，它可以由许多因素和病原引起，各有各的特征。
饲料与管理因素：使用了劣质饲料，除了营养不均衡和吸收率差外，其中的粗纤维含量可能也会超标。也有的因为添加了劣质原料，破坏了肠道内环境，损伤肠粘膜乃至发病。肉鸡饮用了污浊的水源，会破坏鸡的肠道内环境，进而发生细菌或功能性腹泻。在肉鸡生长的不同时期，需要更换不同的饲料。
疾病因素
肠道菌群失调。肉鸡肠道菌群失调，临床上主要表现为泡沫盲肠粪便、橙色粪便和大滩盲肠粪便；鸡只可能存在“勾料”，“料粪”；饮水量增加。发生菌群失调时，肉鸡生产性能或不受影响，或使采食量减少，进而影响生长；脚病较常见。使用抗生素药物后，有时稀便可恢复正常，但以后的整个生长期内仍然易感，不能形成永久免疫力，病因不除，仍会复发。
病毒性因素。病毒性肠炎，多与轮状病毒和呼肠孤病毒有关。
球虫病。在肉鸡的整个养殖过程中，球虫病一直是最普遍的影响肠道健康和生长效率的重要疾病之一，而感染球虫后所引发的肠道病原菌感染，也是引发肠道疾病的重要原因。
坏死性肠炎。引起坏死性肠炎的因素很多，但产气荚膜梭状芽孢杆菌是导致坏死性肠炎的一种普遍存在的厌氧性微生物。
霉菌毒素蓄积性中毒。霉菌毒素正在逐步加重对我国肉鸡的威胁。霉菌的污染，一般多见饲料、环境的污染。霉菌及其毒素的污染，对鸡的各个系统各个组织都能造成损害，尤其是消化系统。如肌胃溃烂、腺胃肿大、肠粘膜脱落、肠道菌群失调等；临床表现就是拉稀、拉不消化饲料粪便。我国养鸡行业中流行的腺胃炎、肌胃腺胃炎，基本上都是由目前霉菌及其毒素引起的。但是，由于饲料霉变因素无法彻底排除，因而商品肉鸡要经常面临肠道不健康，消化系统功能不全的现状。
使肉鸡拥有健康肠道的关键措施
加强饲养管理。确保良好的种鸡营养，有助于提高雏鸡的初生重和整齐度；缩小雏鸡运输时间，避免运输过程的热应激或冷应激；提供良好的育雏条件和高质量的育雏料；避免使用低劣的油脂和高纤维植物蛋白原料，确保雏鸡阶段就拥有健康的肠道。提供优质的饲料，其中所含的各种营养成分均衡，容易被消化吸收；保障机体健康。选择优良水源，供给清洁饮水；遵循循序渐进的换料方式，杜绝换料应激；加强环境卫生消毒，保护好呼吸道，防止机体防御体系的第一道门户受损。