运行过程中，普遍存在结垢问题。这一大危害，降低了锅炉的使用效率，增加了能耗和维修工作量，同时水垢会堵塞供水管道，严重影响生活用水需求。
1、系统结垢
一般天然水中都溶有重碳酸盐，这种盐是热水发生水垢附着的主要成分。在热水运行过程中，重碳酸盐的浓度逐渐增加，当其浓度达到过饱和状态时，或者在经过换热器传热表面使水温升高时CaCO3 沉积在换热器传热表面，形成致密的碳酸钙水垢，它的导热性能很差。不同的水垢，其导热系数不同，但一般不会超过1.16W/（m·K），而钢材的导热系数为45W/（m.K），可见水垢形成，必然会影响换热器的传热效率。水垢附着的危害，轻者是降低换热器的传热效率，影响产量；严重时则管道被堵。
2、垢下腐蚀
当锅炉换热面结垢时，一些有害离子会夹杂在水垢中，引起设备垢下腐蚀。Cl-和SO42-离子浓度增高时，会加速碳钢的腐蚀。Cl-和SO42-会使金属上保护膜的保护性能降低，尤其是Cl-的离子半径小，穿透性强，容易穿过膜层，置换氧原子形成氯化物，加速阳极过程的进行，使腐蚀加速，所以氯离子是引起点蚀的原因之一。 对于不锈钢制造的换热器，Cl-是引起应力腐蚀的主要原因，Cl-离子的含量过高，常使设备上应力集中的部分，如换热器花板上涨管的边缘迅速受到腐蚀的破坏。定期清洗水垢，可以提高换热器的换热效率，使换热温度一次达标，同时减少能耗的损失，降低锅炉燃气量。定期清洗水垢，防止垢下腐蚀穿孔，保证设备的安全运行，并延长设备的使用寿命。