水上木屋，顾名思义是建在水上的。那么在众人的脑海中，木头是怕水的，易受潮，就更不想把木屋建在水上了。受潮会引起木屋建筑木腐菌的滋生，使房屋材料产生腐朽，继而影响寿命。
⒈从结构上防潮:
建在水上的木屋是先在水里打钢桩或者混泥土桩作为基础，支撑处一定的高度，让木屋与水面有产生一定距离来减少湿气。那么在防潮上我们可以利用木屋建筑的结构防潮。木屋建筑木柱与木墙体支撑在混凝土或砌体基础上，接触面间应设防潮层，如油毡、聚氯乙烯（厚度不小于0.05mm）基础顶面距室外地面的距离高度不小于0.3m,以使木构建不与最底层接触，减少水气对木屋的熏湿。
支撑搁栅与基础接触面见也应设防潮层，且搁栅支撑端不应封砌在基础墙中，周围应为宽度不小于30mm的间隙，且中间不应有任何填充材料，以避免通风不畅。该木楼顶应架空，浴室内土地面间有足够的距离，通常为0.45m,且保持室内通风良好。
⒉从保护木材本身开始防潮
引起木构建受潮的原因主要有外侧的雨水渗透和空气中水蒸的传递，建在水上的木建筑就更要注意水汽的影响了。通常使用的木材都会涂上防水层以及其他防腐料漆以切断木腐菌所需的水分，不提供腐菌生物生存所需的条件。
实际建在水上的木别墅并不会比陆地差，往往反而会更注重水分对木构建的影响，防范措施也会做得更充足些，且主要泡在水中的钢桩或混凝土桩都是经过特别处理的。
依水而建的木别墅，在蓝天白云的映衬下，显得格外耀眼。